Отсутствие стандартной java comm API библиотеки под Linux. В Internete была найдена свободная библиотека RxTx, но java код потерял свойство переносимости. Для Windows и Linux версий программы использовались разные библиотеки, что требовало перекомпиляции проекта. К тому же настройка прав доступа к портам в разных версия Linux различалась. Но и с этой проблемой мы справились. В последствии, когда потребовалось установить систему под Windows 98 было обнаружено, что и тут не все гладко. Порты под этой системой со стандартным comm Api, отказывались определяться. С горем пополам, блуждая по интернет форумам, удалось решить и эту проблему. От режима использования “пустышек” под Linux временно пришлось отказаться. В этом режиме локальные порты были не доступны, нужно писать специальные сервисы, а времени нет.